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  • 執筆者の写真Ysasa

mac にseurat4をインストールする

まず、single-cell RNA-seqに関しては、

macにseurat4を以下の手順でinstallすれば、使えるようになるかと思います。

参考まで。


1. mac にRをinstallする。

1a. こちらにアクセスする。https://cran.r-project.org/bin/macosx/

1b. Apple siliconでないmacの場合、https://cran.r-project.org/bin/macosx/base/R-4.2.1.pkg からinstallできます。クリックしてinstallしてください。


2. macに R studio install。

2a. こちらにアクセスする。https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

2b. macの場合こちらから。https://download1.rstudio.org/desktop/macos/RStudio-2022.07.1-554.dmg


3. R studio を起動する。File -> New file -> R notebook を押して、R notebookを立ち上げる。

以下の構造に囲まれた間の右側に、緑の再生マークのようなものがありますが、こちらが実行ボタンになります。

この間にコードをいれて実行すれば、seurat4のinstallや、プログラムの実行ができます。


```{r}

```



4. seurat4のinstall

https://satijalab.org/seurat/articles/install.html

こちらからinstallの方法が記載してあります。

```{r}

install.packages('Seurat')

```

こちらでinstallが開始します。errorが出た場合、

library が足りないときがおおく、その場合

googleで、 [errorででてくるlibrary名] [r] [install] などと検索すれば、

たりないinstall方法が出てきます。


以下のように、libraryをimportすれば、seuratが使える状態になります。

```{r}

library(Seurat)

```


5. seurat4の使用方法

https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html

こちらVignettesを見ながらやれば大概はできるようになると思います。

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