はじめに YouTubeなどに動画をそのままアップロードすると、自動的に日本語や英語の音声データの文字起こしがされるが、特に日本語に関してはかなり間違いを含んでいる。 自分の場合は、実験手技に関する研究系の動画を上げることが多い。...

研究室で起こる実験機器のトラブルの際の手順に関して、一般的な話なので、shareします。各機関のレギュレーションが優先なので、あくまで参考まで。 # 前提 まず、こちらに記載することは、使用する機器の仕様の把握や使用方法の習得ができている前提です。使用する機器のマニュアルを...

1細胞RNA-seq法では、たくさんの1細胞を扱うために、cell-barcoding技術が使われている。概要としては、それぞれがもつRNA配列の1st strand cDNAに異なる配列をつけることで、多数の1細胞を同時に扱うことを可能にする。体系的には、3つの手法に分か...

研究試料をいれるのに使われる1.5/2/0.5/0.2mlチューブに、油性ペンでラベルするのだが、記入スペースは限られているので細字で書く必要がある。字が潰れて判別できないと研究に支障をきたす。太字だと正直、細かいことがかけず必要な情報が書ききらない。...

まず、single-cell RNA-seqに関しては、 macにseurat4を以下の手順でinstallすれば、使えるようになるかと思います。 参考まで。 1. mac にRをinstallする。 1a. こちらにアクセスする。https://cran.r-projec...

RNA量が1ng-1fgの範囲ですと、環境や手技によって実験の安定性に影響を与える可能性がより高くなります。最初はうまくいってたが、だんだん上手くいかなくなるなどの原因の一つとしては、RNaseの混入やその蓄積などが原因の一つになります。...

# intro DNAカラム精製では、DNA binding bufferなどが入ったDNA溶液をcolumnに通すことで、columnにDNAを結合させる。通すには、遠心によるspindownや、バキュームによる方式があり、特にバキュームは、多検体処理や1columnにた...

以下URLに1細胞あたりのtotal RNA量の計測方法について記載したファイル (←ダウンロードしてお使いください)をラボの公開フォルダに置きました。何度聞かれる項目のため、取り急ぎこちらにリンクを記載します。英語化してません。すみません。...

はじめに 研究試料の保存に、冷凍冷蔵庫は重要ですが、きちんと温度管理がされているか知り、異常があった際に速やかに気づく体制も大事です。冷凍庫のトラブルはかなり大変ですので、これらの管理がシステム化されているのが望ましい。...

実験室では、消毒など様々な機会でスプレーを使うが、置き場所に困ることもある。 以下だと、磁石付きで結構便利だった。メモ。 消毒用エタノールを入れるスプレー(磁石付き） https://lab.yamajitsu.co.jp/item/%e3%83%9e%e3%82%b0%e...

December 2021 私の所属している、東京医科歯科大学難治疾患研究所ゲノム機能情報分野では、主にゲノム科学における実験技術開発や、世界最高精度であるQuartz-Seq2などのラボ開発済技術などを用いた共同研究などをすすめる、研究員・プロジェクト助教・テクニカルスタ...

前提 分子生物学実験の基本操作は、 以下３つですけども、 1. 分注する 2. 混ぜる 3. 温度をかける サンプルごとに適切な混合をするには、 適切な機械を選ぶと、安定したデータが得られる。 いくつかの機械を、メモしておく。 手順 0. voltex mixer...

実験の手技や仕様詳細などを遠隔で見せたり、実験のイメージ図をかいたり、実物を見せながら説明するのに、書画カメラとZOOMの組み合わせは手っ取り早い解決策の一つである。アームを近づけると以下くらいの拡大して、遠隔共有できる。...

実験室では、沢山の機械を使うため、電源コンセントと電源タップを適切に使う必要ある。またトラッキング防止などにも気を配った方がよい。 実験室で使う電源タップは以下の仕様があるとよく、 3P 磁石付き、ネジ固定可能穴有り 電源容量有り 絶縁キャップ付き...

背景 実験において、電動精密分注装置のために、駆動力としてコンプレッサーの圧縮空気を使うことがある。 同 コンプレッサー だが、駆動によって、 ドレン水という恐ろしく茶色く汚い液体 が内部にたまり、毎度排出しないといけない。 しかし デフォルトでは筐体直下にぶちまける構造...

#背景 プラベートでも、職場でも、沢山の紙媒体の書類が送られてきて、整理するのが大変なのをどうにかしたい。 ``` 学校の書類 役所や利用店などからのお知らせの書類 製品チラシ 名刺 ``` ScanSnap ix1600とその連携サービスをつかって、PC...

0.2mL single-tubeとか8-linked tubeなんかですが、氷上で冷やしたアルミブロックの上にさして、tubeに入った溶液を冷やします。 tubeの開閉時に、アルミブロックに掘られたwellが深いと、蓋をさわるときに、どうしてもアルミブロックに触れます。ア...

実験機器には電源ケーブルやUSBケーブルなど様々なケーブル類がありますが、どれも黒くて、機器と対応する情報がケーブルに書かれていないことがおおい。 これらは、間違ったケーブルの抜き差しによる事故や、移設時のケーブルの紛失を招き、結構ストレスなので、機器が届いたときに、以下の...

おおよそ実験室は、狭いので、できるだけ集積・高層化をしたい。 手袋の箱を実験机におくのはスペースがもったいないので、磁石で張り付く手袋用の箱を探していましたが、以下が比較的よかった。キンバリーの手袋の箱は、重いけど、箱ごと入れても、磁石がまけてずり落ちてはきませんでした。...

[はじめに] 試料を保存するDeep freezer(-80ºC以下になる)は、研究活動を支えるなくてはならないインフラ機器です。比較的高額であるため、バックアップスペースが十分でないこともあります。そのような際に、運悪く故障してしまうこともあります。...