以下URLに1細胞あたりのtotal RNA量の計測方法について記載したファイル (←ダウンロードしてお使いください)をラボの公開フォルダに置きました。何度聞かれる項目のため、取り急ぎこちらにリンクを記載します。英語化してません。すみません。
1細胞RNA-seqをする際の細胞集団や、目的採取細胞集団の品質チェックを行うことができます。
細胞のサイズと1細胞あたりのtotal RNA量は相関する傾向があります。細胞集団の形態を顕微鏡で見ておき、同時にそれらの細胞集団がもつ1細胞あたりのtotal RNA量とRNAの長さ分布をみることで、あつかう細胞集団が1細胞RNA-seqにふさわしいか予想することができます。
流れとしては以下で、濃度のわかっている微量精製RNAを、Quality checkのポジティブコントロールとして使用します。同時に精製効率を出すことで、正しい1細胞あたりのtotal RNA量の補正に使用します。おおよそですが、80%くらいの効率は出ますが、出ない場合は、キットが悪い場合もあるので、ポジティブコントロールは必須であります。
